强壮的黑衣人首领一把抓住了柯南的领子，将柯南拎了起来，在众人的惊叫声中，打开观景窗将柯南扔了出去。
柯南没想到黑衣人首领会做出这么极端的举动，竟然没有任何警告就把他从窗户里扔出去了。
可恶，难道自己受到了诅咒，上次执行任务夫败，从百米多高的直升机上跳下去，竟然被尾翼击中，死在了海上。
灵魂好不容易进入这个小学生的身体，现在又被人从飞艇上扔下去，这么高，就算掉到海里也是必死无疑啊。
他还想着打败那个神秘的灵魂，让自己变得强大，完成他以前没有完成的事情，现在却又到了生死关头。
柯南努力保持着平衡，伸展开身体，让自己下降的速度变慢。
“柯南！”毛利兰见柯南被扔出窗户，立刻跑到了窗户边。
“危险，让开！”一直躲在柱子后面的基德推开了毛利兰，纵身跳出窗户。众人都趴在窗边，紧张地看着在空中急速往下掉的柯南和基德。
柯南不知道基德在飞艇上，以为自己必死无疑的时候，突然有人抓住了他的身体。
柯南回头看，竟然是艇上的服务生，当然，这时候柯南已经知道对方是基德装扮的。
基德抓住了柯南，冲进云层里，再从云层出来的时候，基德已经换成了他招牌式的白色风衣，打开滑翔伞在空中飞翔。
原本精神紧张的众人在船舱里欢乎起来。
铃木园子又露出了花痴的模样，双手捧着胸口说道：“真不愧是基德大人！”
就连基德的死对头铃木次郎吉也忍不住赞叹道：“虽是敌人，却值得钦佩。”
黑衣人首领看着基德在下面飞过，哈哈大笑起来：“基德果然潜了进来，现在好了，麻烦人物都清理光了。”
柯南被基德抱着在空中飞，问基德为什么要救他。
“我虽然是个小偷，但是个很有爱心的小偷，可不想看着你这样的小弟弟掉海里淹死。那些家伙还真可恶，居然会把你从窗户里扔出来，他们肯定猜到我混进了飞艇，怕我影响到他们的计划，所以用这个办法将我引出来吧。小弟弟，现在你要去哪里？”
“当然是飞回去，我一定要阻止他们的犯罪计划。”
柯南想到黑衣人首领的残暴，知道飞艇上面的人会很危险。
其他人他到不在意，毛利兰和四个小伙伴还在上面，他可不想这些人丧命。
基德抱着柯南飞到了飞艇上方，柯南要去对付黑衣人，基德却没有兴趣去帮他，两人就分开了。
柯南看到黑衣人在观景台上放烟，对黑衣人的举动大为奇怪，很显然，黑衣人只是想让飞艇更醒目，并没有真的放杀人细菌，其目的是想让看到飞艇的人更加恐慌。
柯南打电话给关西的高中生侦探服部，问服部地面的情况，服部告诉柯南，下面已经乱成一团，奈良和大阪的民众都争先恐后往西赶，整个奈良都要空了。
柯南把艇上的情况告诉服部，黑衣人团伙的目的并不是要袭击铃木财团在大阪的总部BELLTREE塔，而是要造成奈良县民众的恐慌，将奈良县变成一座空城，他们的真正目的就是为了盗取奈良县豪福寺里面国宝级的佛像。
“不愧是工……柯南，竟然识破了犯罪团伙的阴谋，我马上赶去豪福寺，将盗贼一网打尽。”
“你刚才说什么？”
“哦，没什么啊，我说不愧是柯南，失忆了脑袋还这么聪明。”服部平次挂了电话，松了口气，刚才差点就说漏嘴了。
在夜色的掩护下，柯南在甲板和观景台上逐一制服了黑衣人，并在基德的帮助下打败了凶恶的首领，客舱里的中森警部和毛利小五郎也制服了另两位匪徒。
豪福寺是日本历史最为悠久，最为著名的寺院，里面收藏着大量国宝级的佛像和文物。
黑衣人团伙利用飞艇制造的恐慌，将这里变成了空城，打算一次性将寺院里的珍贵文物搬空。
夜色下，一辆厢式货车停在寺院前的空地上，几个假扮成警察的匪徒正在往车厢里搬运佛像。
负责开车放哨的首领偷偷下了车，潜入寺院，在其他人往车厢里搬佛像的时候，打碎了一座大佛像，从佛像肚子里拿出一个裹着发黄丝绸的长条型东西来，看样子应该是一把日本刀。
搬佛像的人听到寺院里有声音，立刻赶了过去，首领拿着包裹立刻离开了寺院，将刀藏在树林里，然后又返回寺院，问其他人发生了什么事情。
“不知道这座佛像怎么就突然碎了。”
“这里的佛像都有上千年历史了，已经很脆弱，倒在地上会立刻碎掉，你们别管了，快搬其他的佛像，动作利索点。”
首领说完又出了寺院，回到车上继续放哨，其他人继续搬佛像。
突然间，首领感觉有人过来，立刻下了车躲进树林，拿着包裹离开了那里。
来豪福寺的，正是服部平次和奈良县警，他们将搬运佛像的匪徒都抓了起来。
做完这一切，服部平次打电话告诉柯南，事情已经完美解决，等飞艇到大阪，他请柯南吃大阪烧。
飞艇上，众人将黑衣人都拷了起来。
柯南将“天空的贵妇人”交给铃木次郎吉，虽然怪盗基德救了他，他也不想宝石被基德偷走。
一直被关在吸烟室的毛利兰和水川正辉非常担心他们的身体，柯南告诉他们，其实根本就没有杀人细菌，匪徒自己也怕死，不可能带那么危险的东西。
他们只是在吸烟室里喷了能让人过敏起疹子的生漆，所以只有沾到生漆的地方才会过敏，皮肤发红起疹子，根本没有生命危险。
说到这里，柯南想到了最先发病的女记者西谷霞，那个女人身上多处发红起疹子，如果只是到吸烟室吸烟的话，最多和水川正辉和女服务生一样，不会全身起疹子，那个女记者有问题。
柯南立刻转身向隔离女记者和女服务生的客房冲了过去，打开房门，只见女服务生被绑在了床上，女记者已经不知去向。
柯南在飞艇里找女记者，发现女记者从顶部的紧急出口爬了出去。柯南立刻追了上去，只见女记者站在飞艇的船头，一头秀发迎风飞舞。
“先别走，弃部下于不顾打算一个人开溜，你不觉得这样很卑鄙吗，劫船团伙的首领，西谷霞小姐。”
“哈哈，小鬼头，想不到你竟然能识破我的身份。”
“不，我是怀疑过你，但你伪装成感染者，彻底把我把骗过去了。我想飞艇起飞后不久，你那个装扮成女服生的部下就到吸烟室里喷洒生漆液体，放置空安瓿瓶，突然你就去吸烟室，故意沾上生会让人过敏的生漆，让我们以为你感染了细菌。你在天空观景台之所以会邀请小五郎叔叔一起去吸烟室，又去握小兰姐姐的手臂，就是想让他们误以为和你一样感染了细菌，好让黑衣人把你觉得碍事的人都关起来。可是小五郎叔叔被机关弄得晕头转向，没和你一起去吸烟室。你就在餐厅和小五郎叔叔喝酒，在啤酒里下了安眠药，让小五郎叔叔一真沉睡到刚才。水川先生和那个女服务生去吸烟室吸烟，只有手心和手肘部位碰到了什么东西起疹子，元太没有碰里面的东西，所以没有起疹子，只有你，连不易与物体碰触的脸和脖子都出现了疹子，再加上老大一直和某人联系，我才恍然大悟，你这样做是为了让大家陷入细菌感染的恐惧，让你职离起来，在大家不知道的地方指挥劫船行动，你才是真正的老大。”
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