虽然笹浦洋介已经死亡很长时间，穗高号也从基地驶到了演习海域，立石舰长还是带着众人在舰上展开搜查。
藤井七海在导弹发射井旁的甲板上发现了笹浦洋介的手机。
正当藤井七海要仔细查看的时候，高木等人也到了那边，匆忙间，藤井七海拔下了手机记忆卡，将手机留在了发射井盖上。
藤井七海趁着众人被笹浦洋介的手机吸引，独自一人去舰长室，长现舰长室的密码门锁被破坏了。
美女自卫官感觉不妙，掏出手枪悄悄进了舰长室。
对整件事情好奇，又怀疑美女自卫官身份的工藤新一尾随藤井七海进了舰长室，发现美女自卫官查看舰长的电脑，并将记忆卡插在了电脑上。
工藤新一用变声扬声器引开了美女自卫官，拷贝了美女自卫官查看的内容，发现是有关神盾舰的资料。
藤井七海在走廊处碰到舰长，知道自己受骗，立刻持枪冲进了舰长室，在翻滚的时候，沾在美女自卫官袖口上的窃听器掉在了地上，自女自卫官看到地上的窃听器，确信X就在船上，而且还进入过舰长室。
工藤新一被美女自卫官堵在了舰长室，用卫星电波引来众人。
得知美女自卫官及是直属于防卫大臣的情报保全官员，负责自卫队的情报管理，监视自卫队军官的动向，而死去的笹浦洋介是出卖神盾舰资料的间谍。
缩小的工藤新一对演习中出现的异常情况有怀疑，以找东西为借口，找出了笹浦洋介传递信号的信号旗。
让众人联想到清晨时分，笹浦洋介是在山崖上挥舞信号旗传递信息。
藤井七海对工藤新一也产生了怀疑，跟着工藤新一到餐厅，问工藤新一到底是何方神圣。
工藤新一没有回答美女自卫官，反问美女自卫官，有什么机密数据是必须在舰上才能取得的，比如遇到潜艇突然攻击才出现的数据。
“你是指为了得到这个数据，X才安排了遇难船只袭击神盾舰吗？”
“这些数据要哪里才能得到？”
“CIC，再有就是舰长室。”
藤井七海和工藤新一都想到了之前突发情况，舰长到了CIC，舰长室空无一人，X就是在那个时候潜入舰长室窃取情报的。
那个人就是X！
工藤新一想到演习时勇气一个人在CIC，立刻向甲板跑去。
藤井七海立刻跟了过去，半路上却被关口叫住，关口告诉藤井七海，竹川在京都露面了。
柯南正在甲板上听藤井七海等人的谈话，突然发现窃听器不起作用了，只得拿出指南看如何在紧急情况下脱身。
“雨宫先生，雨宫先生……”
正在看观摩指南的柯南没第一时间听到有人叫他，收起观摩指南才发现是那个小学男生在叫他。“是你啊，小朋友，有什么事吗？”
“那个，勇气他没事吧？”
“哦，话说回来，勇气呢，不知又乱跑哪里去了。”
“勇气去厕所了，他的异位性皮肤炎发作，要洗干净手涂药才行。”
“嗯，那我去厕所找他了。”
“你担心勇气吗？”
“那当然了，我是他爸爸。”
“那为什么船身剧烈晃动的时候你不在勇气的身边？”
“我说过那时候我去厕所了。”
“不对，那时候你去了舰长室。我叫你多次雨宫先生都没有反应，勇气也不是去擦药，而是内服药，他不是皮肤炎，而是食物过敏，做父亲的不可能不知道这点，换句话说，你不是勇气的父亲，而是来自中华联盟的间谍。”
柯南不可思议地着着面前的小男生，忍不住问道：“你到底是谁？”
“江户川柯南……”
柯南大惊，对方竟然已经查到了他这次来日本用的化名，难道说竹川已经被抓住了？
面前只是一个小男生，还没有其他人知道他的身份，不管这小男生是谁，抓住他或者除掉他！
缩小的工藤新一正得沉浸在解开迷题的快感中，每当这个时候，他都会用得意的表情说自己是江户川柯南，是个侦探。
可这一次，后面半句话还没说出口，对方铁钩般的手掌夹着风声向他抓了过去。
工藤新一紧急避让，踩在了毛利小五郎的镀金名片上，滑倒在甲板上。
也正因为如此，工藤新一躲开了柯南的袭击。
“小朋友，你没事吧。”
不远处的民众和海自卫官兵见工藤新一倒在甲板上，都看向这边。
在人群中寻找缩小的工藤新一的毛利兰看到这一幕，立刻冲了过来。
柯南知道自己暴露出，立刻快步冲进了船舱。
“别跑！”
工藤新一想去追，被身边的小男孩抓住了胳膊。小男孩用恳求的眼神看着他说道：“不要追，不要追，要不然我妈妈会被杀掉的。”
京都，先斗町公园。
竹川在摄像头下将日记本烧了扔在石灯笼里，转身离开。
服部平次和远山和叶在警察赶到之前将石灯笼里的残片拍了下来，和阿笠博士、灰原哀一起研究上面写了什么。
“平次，这上面好像写的是泉州木，什么意思？日本有叫泉州木的地方吗？”远山和叶看着放大的图片问服部平次。
“笨蛋，这不是泉州木，这个木字后半部分被烧掉了，原本应该写的是泉州机场。竹川那家伙肯定是想去泉州机场。”
“泉州机场？日本有叫泉州机场的吗？”
“就是关西国际机场，这个机场在泉州地区，当地一些人就叫它泉州机场。”
“那我们现在怎么办？”
“当然先通知大阪警方，阿笠博士送我们去车站，我们搭新干线去大阪，应该能追上竹川。”
阿签博士送服部平次和远山和叶去了车站，却在离开车站的路上看到竹川上了路边一辆小货车，向着舞鹤市方向去了。
“博士，我想之前竹川是故意被监控拍到在公园烧日记，好让警方认为他要去关西机场搭飞机离开日本，他的真实目的却是返回舞鹤港，接应神盾舰上的同伴X。”
“小哀，你马上联系服部，把情况告诉他，我们先追上去。”阿笠博士发动汽车跟上了竹川驾驶的小货车。
穗高舰上，柯南不得不撕下面具。
幸好他早有准备，穿了双面外套。
换了外套颜色，再戴上太阳眼镜，和他装扮的雨宫一彦就判若两人了。
柯南走出厕所没多久，就看见一名海自卫官兵拉着小男孩在船舱内走动，正是他之前走过的地方。
糟糕，再这样下去会被舰上的士兵发现安装的炸弹。
柯南找了根铁棒跟上前去，将拉着小男孩的自卫官打倒在地。
小男孩看到柯南的真面目，吓得趴在地上瑟瑟发抖。
“勇气，这样可不好，难道你不想见你妈妈了吗？”
正在找江户川柯南的毛利兰看到一个陌生男人拉着小男孩往没人的地方走，立刻跟了上去，她已经知道小男孩是被假冒雨宫一彦的间谍带上神盾视的，此刻拉着小男孩的男人就是间谍。
所谓艺高人胆大，到了空旷的甲板上，毛利兰看准机会冲向男人，对男人发动了攻击。
柯南听到后面有风声，知道有人袭击，本能侧身躲避。
看到对他发动攻击的竟然是一名女中学生，顿时不屑一顾。
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